Hansen war Mitglied verschiedener dänischer Nachwuchs-Nationalteams und verbrachte einen Grossteil seiner Nachwuchszeit beim Liverpool FC in England. Von Liverpool gelangte er über diverse Stationen zum FC Ingolstadt 04, für den er 23 Partien in der 1. Bundesliga bestritt. In der letzten Spielzeit war Hansen an den niederländischen Club SC Heerenveen ausgeliehen. Der 28-Jährige unterschreibt beim FCB einen Vertrag über zwei Jahre und wird das Trikot mit der Nummer 35 tragen.

Der FC Basel 1893 heisst Martin Hansen herzlich willkommen bei Rotblau.

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